Des de la seva introducció a la dècada de 1970, l'anàlisi microbiana ha experimentat un desenvolupament i millora contínua. Inicialment, l'anàlisi microbiana s'utilitzava principalment per a la detecció de mostres ambientals, i posteriorment es va anar ampliant gradualment als camps de la medicina, l'agricultura, la bioenginyeria, etc. Amb el continu avenç de la biotecnologia, l'anàlisi microbiana també s'ha innovat i millorat contínuament, convertint-se en un important mètode analític.
